Track  #1  #2  #3  #4  #5  #6  #7


Track #5 - 病理影像


  • 說明:
    此賽道主要目的在於測試病理影像儲存管理主機(Source)以及顯示端(Consumer)能依照DICOMWeb標準查詢與調閱,超大尺寸數位病理影像,並能正確顯示。在影像標記註解部分,透過影像與標記標準化,用來解決全幅(Whole Slide)數位病理影像互通性的問題。標註格式可能是影像分割形式的點陣圖型、透過座標定義輪廓之向量圖型等,本賽道主要針對註解標示影像的關注區(regions of interest, ROIs)的標準化進行驗證。亦希望參加者能提供簡單的標記,作為標準化病理影像的示範案例,提供異質性系統互通,作為加速數位病理影像標準化。
  • 預期效益:
    隨著人工智慧與機器學習(AI/ML)的快速發展,需要加快標準化的醫學影像分析工作流程的軟體開發流程(SDLC),以及採取更加敏捷的開發方法。參加單位可使用實際或是產品雛型參加此賽道,由於這需要大量的前期開發工作,因此參加者需要具備較高的技術門檻。這也鼓勵參加單位早期投資,希望此標準足夠成熟,進而早期布局,以證明投資的合理性。早日切入數位病理影像市場。為了簡化標準化開發流程並鼓勵產業早期實施和測試。MISAT鼓勵醫學影像分析專家、軟體工程師、開源工作者參加,並投入開發開源試驗,建立提供數位病理影像標準化系統的產品概念驗證(Proof ofConcept)

測試情境(Scenarios)

  • 病理影像
    • 針對DICOM數位病理影像(DICOM Whole Slide Imaging - Supplement 145)存取調閱、並能正確顯示
    • 產生DICOM數位病理影像並透過DICOM標準協定上傳至PACS Servers
  • 標記註解
    • 對現有上述標準化DICOM數位病理影像進行分析,產生標記註解
    • 產生TID 1500結構化報告作為標記註解格式
    • 可使用JavaScript以及Python作為影像顯示與影像分析
    • 參考DICOM Supplement 222: Whole Slide Microscopy Bulk Annotations Storage SOP Class
    • 結合2021 DICOM WSI annotation online Hackathon (預計6月~8月)s

  • https://github.com/cylab-tw/mitw/blob/main/Track-Pathology.md

聯測範圍

  • 顯示系統(Display systems)
    • 畫標記
    • 將標記轉換成結構化報告格式(DICOM SR)
    • 解析DICOM SEG並呈現在影像上
    • 傳輸(Store)、查詢與調閱(Query/Retrieve)影像與標記

  • 分析系統(Analysis systems)
    • 解析標記用分析
    • 將分析結果(AI Results)儲存成結構化報告格式(DICOM SR)
    • 傳輸(Store)、查詢與調閱(Query/Retrieve)影像與標記



  • 查詢影像與標記 (Query)
    • DICOMWeb: QIDO階層式查詢 – Studies-Series-Instances
      • FHIR ImagingStudy
      • FHIR Observation SVG annotation
  • 調閱影像與標記 (Retrieve)
    • DICOMWeb: WADO-RS
    • DICOMWeb: WADO-URI
    • FHIR Observation SVG annotation
    • 影像與標記顯示一致性
      • 顯示標準格式標記跨系統之間呈現確保影像與標記呈現一致性
情境1 病理影像調閱與檢視
  • 使用DICOMWeb階層式查詢方式查詢DICOMWeb主機,並依照DICOM階層式架構回傳結果
  • 調閱使用WADO-URI或WADO-RS

情境2 標記調閱與檢視
  • 使用DICOMWeb階層式查詢方式查詢DICOMWeb主機,並依照DICOM階層式架構回傳結果
  • 調閱使用WADO-URI或WADO-RS
    • 參考DICOM Supplement 222: Whole Slide Microscopy Bulk Annotations Storage SOP Class
    • 結合2021 DICOM WSI annotation online Hackathon (預計6月~8月)

參考標準

  1. DICOM Whole Slide Imaging (WSI)
  2. DICOM Suuplement 222: Whole Slide Microscopy Bulk Annotations Storage SOP Class: PDF/ PPT/ Word - 徵求公開意見中
  3. DICOMWeb
  4. FHIR Observation